Das Institut für Organisationsökonomik (IO) besteht seit dem 1. Oktober 2010 und wird von Prof. Dr. Alexander Dilger geleitet. Es gehört sowohl zum Centrum für Interdisziplinäre Wirtschafsforschung (CIW) als auch zum Centrum für Management (CfM).
Das Institut für Organisationsökonomik befasst sich in Forschung und Lehre theoretisch sowie empirisch mit Organisationen in ihren vielfältigen Formen aus ökonomischer Perspektive. Es werden sowohl gewinnorientierte Unternehmen als auch Non-Profit-Organisationen (NPOs) sowie öffentliche Betriebe analysiert. Themenschwerpunkte des Instituts sind Corporate Governance, Euro(krise), Hochschulmanagement, Insolvenz, Personal(ökonomik), Sportökonomik sowie Wirtschafts- und Unternehmensethik.